Схема конструювання та рішення пептидного ланцюга поліпептиду

І. Підсумок
Пептиди — це спеціальні макромолекули, послідовності яких незвичайні за хімічними та фізичними властивостями.Деякі пептиди важко синтезувати, тоді як інші відносно легко синтезувати, але важко очистити.Практична проблема полягає в тому, що більшість пептидів слаборозчинні у водних розчинах, тому під час нашого очищення відповідну частину гідрофобного пептиду необхідно розчинити в неводних розчинниках. Таким чином, ці розчинники або буфери, ймовірно, будуть серйозно несумісними з використанням біологічних експериментальних процедур, тому технікам суворо заборонено використовувати пептид для власних цілей, тому нижче наведено кілька аспектів дизайну пептидів для дослідників.

Схема конструювання та рішення пептидного ланцюга поліпептиду
По-друге, правильний вибір синтетичних складних пептидів
1. Загальна довжина послідовностей зі зниженою регуляцією
Пептиди з менш ніж 15 залишками легше отримати, оскільки розмір пептиду збільшується, а чистота неочищеного продукту знижується.Оскільки загальна довжина пептидного ланцюга перевищує 20 залишків, точна кількість продукту є ключовою проблемою.У багатьох експериментах легко отримати несподівані ефекти, знизивши число залишків нижче 20.
2. Зменшити кількість гідрофобних залишків
Пептиди з великим переважанням гідрофобних залишків, особливо в області 7-12 залишків від C-кінця, зазвичай викликають синтетичні труднощі.Це розглядається як неадекватна комбінація саме тому, що при синтезі виходить аркуш, згорнутий у В.«У таких випадках може бути корисним перетворити більше двох позитивних і негативних залишків або додати Gly або Pro в пептид, щоб розблокувати пептидний склад».
3. Пониження «складних» залишків
«Існує ряд залишків Cys, Met, Arg і Try, які, як правило, не легко синтезуються».Ser зазвичай буде використовуватися як неокислювальна альтернатива Cys.
Схема конструювання та рішення пептидного ланцюга поліпептиду

По-третє, покращити правильний вибір розчинних у воді
1. Відрегулюйте N або C кінець
Порівняно з кислими пептидами (тобто негативно зарядженими при рН 7), ацетилювання (N-кінець ацетилювання, C-кінець завжди зберігає вільну карбоксильну групу) особливо рекомендується для збільшення негативного заряду.Однак для базових пептидів (тобто позитивно заряджених при рН 7) особливо рекомендується амінування (вільна аміногрупа на N-кінці та амінування на С-кінці) для збільшення позитивного заряду.

2. Значно скоротити або подовжити послідовність

Деякі з послідовностей містять велику кількість гідрофобних амінокислот, таких як Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr і Ala тощо. Коли ці гідрофобні залишки перевищують 50%, їх зазвичай важко розчинити.Може бути корисним подовжити послідовність для подальшого збільшення позитивного та негативного полюсів пептиду.Другий варіант полягає в зниженні регуляції розміру пептидного ланцюга для збільшення позитивного та негативного полюсів шляхом зниження регуляції гідрофобних залишків.Чим сильніші позитивні та негативні сторони пептидного ланцюга, тим більша ймовірність його реакції з водою.
3. Покладіть у водорозчинний залишок
Для деяких пептидних ланцюгів комбінація деяких позитивних і негативних амінокислот може покращити розчинність у воді.Наша компанія рекомендує N-кінець або C-кінець кислих пептидів поєднувати з Glu-Glu.Давали N- або C-кінець основного пептиду, а потім Lys-Lys.Якщо заряджену групу неможливо розмістити, Ser-Gly-Ser також можна розмістити на N або C кінці.Однак цей підхід не працює, коли сторони пептидного ланцюга не можуть бути змінені.