Пептиди, що проникають у клітину, є невеликими пептидами, які можуть легко проникати через клітинну мембрану.Цей клас молекул, особливо CPP з функціями націлювання, обіцяє ефективну доставку ліків до клітин-мішеней.
Тому дослідження на ньому мають певне медико-біологічне значення.У цьому дослідженні CPP з різною трансмембранною активністю вивчали на рівні послідовності, намагаючись з’ясувати фактори, що впливають на трансмембранну активність CPP, відмінності в послідовності між CPP з різною активністю та NonCPP, а також запровадити метод аналізу біологічних послідовностей.
Послідовності CPPs і NonCPPs були отримані з бази даних CPPsite та різних літературних джерел, а трансмембранні пептиди (HCPPs, MCPPs, LCPPs) з високою, середньою та низькою трансмембранною активністю були виділені з послідовностей CPPs для створення наборів даних.На основі цих наборів даних було проведено наступні дослідження:
1. Амінокислотний і вторинний структурний склад різних активних CPP і NonCPP аналізували за допомогою ANOVA.Було виявлено, що електростатичні та гідрофобні взаємодії амінокислот відіграють важливу роль у трансмембранній активності CPP, а спіральна структура та випадкове згортання також впливають на трансмембранну активність CPP.
2. На двовимірній площині відображено фізико-хімічні властивості та довжини КПЗ з різною активністю.Було виявлено, що CPP і NonCPP з різними видами діяльності можуть бути кластеризовані за деякими спеціальними властивостями, а HCPP, MCPP, LCPP і NonCPP були розділені на три кластери, що демонструє їхні відмінності;
3. У цій статті вводиться поняття фізико-хімічного центроїда біологічної послідовності, а залишки, що утворюють послідовність, розглядаються як точки частинок, а послідовність абстрагується як система частинок для дослідження.Цей метод був застосований для аналізу CPP шляхом проектування CPP з різними видами активності на 3D площину за допомогою методу PCA, і було виявлено, що більшість CPP об’єднані разом, а деякі LCPP об’єднані разом із NonCPP.
Це дослідження має наслідки для розробки CPP та розуміння відмінностей у послідовності CPP з різними видами діяльності.Крім того, метод аналізу фізико-хімічного центроїда біологічних послідовностей, представлений у цій статті, також можна використовувати для аналізу інших біологічних проблем.Водночас їх можна використовувати як вхідні параметри для деяких проблем біологічної класифікації та відігравати роль у розпізнаванні образів.
Час публікації: 15 червня 2023 р